La “historia de milagros y amor” gira entorno a Mitsuha y Taki. Mitsuha es una estudiante de preparatoria que vive en un pueblo rural situado en las montañas. Su padre es el alcalde y no está en casa mucho, y ella vive con su hermana pequeña de escuela primaria y con su abuela. Mitsuha tiene una personalidad honesta, pero a ella no le gustan las costumbres del santuario sintoísta de su familia, ni como su padre participa en una campaña electoral. Mitsuha se lamenta de esta viviendo en un pueblo rural confinado, y anhela el maravilloso estilo de vida de vivir en Tokio. Taki es un estudiante de preparatoria que vive en el centro de Tokio. Él pasa tiempo con sus amigos, trabaja a tiempo parcial en un restaurante Italiano, y está interesado en la arquitectura y las bellas artes. Un día, Mitsuha tiene un sueño en el que ella es un hombre joven. Taki también tiene un sueño en el que él es una estudiante de preparatoria de un pueblo en las montañas en el que nunca ha estado. ¿Cuál es el secreto detrás de sus sueños?