La historia gira en torno a un estudiante de preparatoria llamado Sorata Kanda, el cual vive en Sakurasou, el dormitorio para chicos problemáticos del instituto. Un día, Mashiro Shiina, una chica hermosisima que encima es una brillante artista, se muda a vivir a dicho dormitorio. Sorata decide que debe proteger a la aparentemente frágil Mashiro de la gentuza de Sakurasou, y resulta que no se equivoca: Mashiro no tiene ni idea de cómo cuidar de sí misma. Se pierde cuando sale a la calle, no sabe doblarse la ropa y tiene la habitación hecho un desastre. Al final los muchachos del Sakurasou consideran a Sorata como el “dueño” de Mashiro, y habrán de vivir en el dormitorio bajo la idea de que todos les vean como “dueño y mascota”.